El 48% de las principales pesquerías chilenas se encuentran sobreexplotadas o agotadas según el balance de la Cuenta Pública del Estado de los Recursos 2013 publicado por la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura, en base principalmente, a las investigaciones realizadas por el Instituto de Fomento Pesquero (IFOP). Según establece el portal del organismo, por ley se obliga a someterlas a un régimen de recuperación.  El estudio verificó el estado de las 33 principales pesquerías o unidades de pesquerías chilenas: 12 califican como en "plena explotación", 8 están en "sobreexplotación", 8 figuran como "agotadas" y de 5 no se dispone información suficiente.  Si se compara con el estudio realizado en 2012, la situación empeoró, ya que varias pesquerías cambiaron su estatus, como por ejemplo la la merluza de tres aletas (X a Xll región) y la la merluza del sur(X a Xll región) que pasaron de ser especies en plena explotación a estar sobreexplotadas. Otras pesquerías como la anchoveta de la zona centro sur (X a X región), el congrio dorado (X a XI región) y la raya volantín (XIII a X región) atraviesan una situación más dramática, ya que pasaron de sobreexplotadas a agotadas, y los esfuerzos por recuperarlas no dieron los resultados esperados. Según recoge el sitio de Subpesca, para el subsecretario Raúl Súnico, "la situación es crítica y el desafío que nos impone este estudio es mayor, pues nuestro trabajo se centrará en la recuperación de las pesquerías sobreexplotadas y agotadas y de esa forma enfrentar un futuro más sustentable para la actividad pesquera (…) es un desafío que será imposible de enfrentar solos y aquí necesitamos el compromiso de todos los actores involucrados desde los pescadores hasta la ciudadanía que verá cómo algunas especies no serán fácil de encontrar en el mercado formal".